کریم باقری در ۱۶ خرداد سال ۱۳۷۲ برابر تیم ملی پاکستان در جام اکو، اولین بازی ملی خود را انجام داد و ۸۴ بازی و ۵۰ گل در کارنامه ملی خود دارد.
افتخارات کریم باقری:
طلای سیزدهمین دوره بازی‌های آسیایی (۱۹۹۸ بانکوک) قهرمان جام اکو (۱۹۹۲ تهران) حضور در جام جهانی (۹۸ ــ فرانسه) مقام سومی جام ملت‌های آسیا (۱۹۹۶ امارات) قهرمانی با پرسپولیس (لیگ ۱۳۷۵) قهرمان جام باشگاه‌های عرب مقام سومی جام باشگاه‌های آسیا با السد بازیکن ماه آسیا زننده بهترین گل ماه آسیا برترین بازیکن جام باشگاه‌های عرب (۲۰۰۱) عضو تیم ستارگان آسیا در دیدار با ستارگان فیفا ۱۹۹۷ و بهترین گل زن جهان در سال ۱۹۹۷ پس از روماریو